A conservação e a sustentabilidade ambiental têm sido algumas das prioridades do Museu de História Natural de Mato Grosso (MHNMT). O Museu, instalado na Casa Dom Aquino, patrimônio histórico de Mato Grosso, é presenteado por uma rica fauna e flora e se localiza às margens do Rio Cuiabá.
Sabendo da necessidade de preservar o ambiente, o MHNMT tem desenvolvido atitudes para se enquadrar dentro de parâmetros ecossustentáveis (redução do consumo de energia, água e da diminuição da produção de lixo). Além disso, realiza, frequentemente, atividades e ações que despertem na comunidade a conscientização da importância da preservação ativa dos recursos naturais. Dentre as iniciativas sustentáveis do Museu, destacam-se a bacia de evapotranspiração, cisterna para a captação de água da chuva, coleta seletiva e reaproveitamento de madeiras.